故事讲述一个看起来非常平凡的幼稚园学生松崎小美有一个不可告人的秘密──那就是她在自己的卧室里和一群不可思议的迷你动物生活着：天真活泼的小尔、喜欢胡闹的健太以及永不疲倦的依沙。他们是从异次元空间“动物横町”来的居民，不知何时在小美新家的卧室里建造了一扇可通往动物横町的秘密之门。而动物横町的其他角色也随之一一登场……...

　　城市里连续发生着不可思议的奇怪事件，还有为解决事件聚集起来的拥有特殊力量的少女：修道院里的十四岁孤儿----叶山小十乃、身为偶像的----白藤菜月以及与前世的噩梦战斗的谜之少女----圣三咲。　　想要审判污秽现有世界的人，想要保护现有世界的人，谁代表正义？谁又代表邪恶？　　失去记忆的少年出现了，命运的齿轮分明已经开始转动，新生？毁灭？还是……不可知的未来？...